Langkah-langkah/tahapan dalam PBL yang dilalui sbb:

• Problem/Masalah: orientasi permasalahan seperti diuraikan pada bagian berikut.
• Perkuliahan: mahaiswa dibekali prinsip-prinsip dasar metode analitik, dan pengantar menggunakan internet dan perpustakaan untuk menemukan bahan-bahan yang relevan. Tentunya: bagi yang sudah familier dengan internet yang kedua ini tidak terlalu bermanfaat, dan mereka boleh menghindarinya.
• Melacak literatur: berlangsung di luar kelas, mahasiswa menggunakan perpustakaan dan internet untuk memperoleh sumber informasi dalam rangka pemecahan masalah
• Seminar: mahasiswa menyampaikan informasi/gagasan/ide yang telah ditemukan, mendisikusikan masalah dan tukar gagasan.
• Tutorial: apabila mahasiswa mempunyai berbagai pertanyaan, mereka dapat menanyakan kepada dosen selama sesi tutorial ini. Tutor bertindak untuk mengobesrvasi, membimbing, dan mendukung. Setelah mahasiswa menemukan suatu pemecahan, selanjutnya mereka dapat mempersiapkan untuk eksperimen
• Demonstrasi: sebelum mahasiswa melaksanakan eksperimen, dosen dapat mendemonstrasikan (dihadapan mahasiswa) bagaimana mengoperasikan instrumen yang akan digunakan, dan mengenalkan aspek mana yang mendapat perhatian lebih.
• Eksperimen: mahasiswa memperoleh data dari eksperimen, menginterpretasikan hasil, dan menulis laporan. Kegiatan laboratorium menekankan keterampilan teknik dan problem solving.

Dasna (2005) menerapkan model PBL untuk matakuliah Metodologi penelitian Kimia dengan modifikasi langkah-langkah yang dilakukan oleh Liu Yu (2004). Modifikasi dilakukan terkait dengan sifat materi kuliah yang tidak memungkinkan secara langsung mengacu pada masalah nyata. Langkah-langkah pembelajaran dimulai dari ”telaah masalah” untuk memberikan wawasan umum pada mahasiswa tentang apa yang mereka pelajari. Mahasiswa mula-mula diajak berdiskusi untuk membahas suatu karya ilmiah (artikel hasil penelitian) untuk mengidentifikasi ”apa masalah yang dipecahkan pada karya ilmiah tersebut, bagaimana metode pemecahannya, bagaimana hasilnya, relevansinya terhadap teori yang ada, dan pertanyaan yang relevan lainnya. Mahasiswa bekerja berkelompok dan mempresentasikan hasil kerjanya. Kemudian mahasiswa diminta untuk membuat masalah baru dari artikel yang dibacanya.
Untuk menghindari kedangkalan masalah yang dibuat, kemudian diberikan ”kuliah” dimana mahasiswa diberikan bahan kuliah dan pertanyaan-pertanyaan untuk didiskusikan berhubungan dengan materi metode penelitian. Misalnya untuk mengembangkan masalah penelitian diberikan materi ”Apa itu masalah, bagaimana mengembangkan masalah, bagaimana menuliskan rumusan masalah, dan bagaimana mengembangkan latar belakang masalah. Mahasiswa diminta menelusuri literatur lebih lanjut tentang materi yang diberikan.
Setelah pembahasan teori, mahasiswa kemudian mengembangkan masalah yang akan mereka gunakan sebagai judul skripsi. Mula-mula mahasiswa melakukan studi literatur sesuai dengan minat penelitiannya, memilih dan mendiskripsikan masalahnya, mempresentasikan pada kelompok, masukan dari kelompok, diskusi kelas, masukan dari dosen, dan akhirnya penetapan masalah. Masalah yang ditetapkan sebagai judul proposal penelitian tersebut dilanjutkan dengan langkah-langkah masalah berikutnya yaitu kajian teori, perancangan metode penelitian, prosedur kerja, teknik analisis dan pengumpulan data. Masing-masing tahap dilakukan dengan pengembangan oleh mahasiswa, kuliah, lacak literatur, diskripsi oelh mahasiswa, diskusi kelompok, diskusi kelas, presentasi, masukan oleh dosen, dan revisi produk. Langkah-langkan umum pembelajaran disajikan pada Gambar 2.

Gambar 2. Model PBL yang dikembangkan Dasna (2006) untuk matakuliah dengan materi berurutan

Model yang dikembangkan pada Gambar 2 adalah PBL untuk suatu materi perkuliahan yang mempunyai sequence yang erat. Dalam hal ini, mahasiswa harus mempunyai ”masalah yang akan diteliti dulu” setelah mengkaji hasil penelitian dan kuliah. Penetapan masalah harus dibuat.dipilih oleh mahasiswa kemudian dipresentasikan di kelompoknya (setiap anggota kelompok presentasi), kemudian dipilih satu masalah untuk dipresentasikan di kelas. Dalam hal ini ada masukan dari kelompok lain dan dosen. Setelah itu dilakukan tutorian individual oleh dosen untuk menyempurnakan produk mahasiswa. Mahasiswa melakukan revisi. Kemudian mahasiswa mengerjakan materi pokok pada tahap berikutnya. Mahasiswa diberikan paparan terori melalui kegiatan diskusi, kemudian mereka melakukan kaji literatur, membuat diskripsi sesuai dengan masalahnya sendiri, presentasi dalam kelompok, diskusi kelas, bimbingan dosen, dan revisi. Kemudian mahasiswa mengembangkan materi berikutnya sesuai langkah-langkah tersebut.
Produk akhir dari kuliah ini adalah proposal penelitian yang merupakan gabungan/kompilasi dari tahap-tahap kerja dalam perkuliahan. Produk akhir keseluruhan (berupa proposal penelitian skripsi) dipresentasikan oleh masing-masing mahasiswa pada seminar kelas.